Dağlıq Qarabağ münaqişəsi başlayanda Xocalının qəsəbə statusu vardı. 1989-cu ilə qədər Xocalıda əhalinin sayı 2 min nəfərdən artıq idi. Münaqişə başlayandan sonra Xocalının DQMV paytaxtı Stepanakertə 10 km məsafədə olduğunu nəzərə alan Azərbaycan hökuməti Xocalıdakı əhalinin sayını süni surətdə artırdı. Xocalıda yaşayanların sayı 2 mindən 6300-ə yüksəldi, Azərbaycan SSR Xocalıya şəhər statusu verdi. Köçürülənlər arasında Özbəkistandan Azərbaycana gətirilən Axıska türkləri də vardı. Hökumət bu süni say artımı ilə erməniləri şəhərə hücum etməkdən çəkindirmək niyyəti güdürdü.

1991-ci ilin payızından etibarən Xocalı blokada altında qalmışdı. Sovet qoşunlarının ərazini tərk etməsi ilə şəhərdə işıq, istilik sistemi dayandırıldı.Yanvarda Azərbaycan ordusu Xocalını blokadadan çıxarmaq üçün Əsgəran istiqamətində hücuma keçsə də, bu, uğursuzluqla nəticələndi. Şəhərlə əlaqə vasitəsi kimi sadəcə vertolyotdan istifadə edilirdi. Xocalı İcra hakimiyyəti başçısı Elman Məmmədovun əhalini tamamilə Xocalıdan çıxarmaq barədə istəyi yerinə yetirilmədi. Əhalinin bir qismi öz imkanlarıyla şəhəri tərk etdi.

1992-ci il fevralın 25-də erməni silahlı birləşmələri tərəfindən Xocalıya hücum başladı. Həmin gün Sumqayıt poqromunun 4 illiyi idi. 1992-ci ilin fevral ayından etibarən Qarabağdakı erməni silahlı qüvvələrinin liderlərindən biri olan Monte Melkonyanın qardaşı Markar Melkonyan “Mənim qardaşımın yolu” kitabında göstərir ki, bu tarix Sumqayıt hadisələrinin ildönümü ilə əlaqədar seçilib və intiqam xarakteri daşıyırdı. Xocalıya hücum zamanı şəhərdə 2-4 min arası əhali vardı. Hücumda keçmiş SSRİ-nin 366-cı motoalayının komandanlığın əmrinə tabe olmadığı 2-ci bölüyü iştirak edirdi. Bölüyün demək olar ki, hamısı ermənilərdən ibarət idi və ona daha sonra Ermənistanın Müdafiə naziri olacaq Seyran Ohanyan komandanlıq edirdi. Xocalının bombardmanı fevralın 25-də axşam saat 23 radələrində başladı. Fevralın 26-da saat 01.00-dan 04.00-ə qədər olan zaman zərfində müqavimət qırıldı, ermənilər şəhərə daxil oldular.

Hücumun başlanmasından sonra əhalinin bir hissəsi Ağdam istiqamətində hərəkət etməyə başladı. Qaçan bəzi qruplarda şəhərin qarnizonunun silahlı əsgərləri də var idi. Qaçqınlar iki istiqamətdə hərəkət edirdi:

1) Əsgəranı solda buraxıb, şəhərin şərq kənarlarından şimal-şərqə doğru çay yatağı boyunca.

2) Əsgəranı sağda buraxıb şəhərin şimal kənarından şimal-şərqə doğru (qaçqınların kiçik hissəsi bu yolla getmişdi).

Beləliklə, əhalinin əksəriyyəti Xocalıdan ayrıldı, təxminən 200-300 nəfər evlərində və zirzəmilərində gizləndi. Yolda 1-ci qrupu silahlı qarnizon əsgərləri müşayiət etdiyi üçün ermənilər “qaçqın karvanı”nı atəşə tutdu (daha sonra Ermənistan bu istiqamətdə olan sivillərin ölümünü əsgərlərin üzərinə atacaqdı). Panikaya düşən qrupun bir hissəsi səhv səmtə, birbaşa erməni hərbi hissələrinin yerləşdiyi əraziyə yönəldi və burada öldürüldü (ermənilər üzərlərinə gələn kütlənin əsgərlər olduğunu zənn etdiklərini bildirmişdi. Human Rights Watch bu arqumenti rədd edir). Bir hissəsi isə yolda don vurmadan həyatını itirdi. Azad koridor verilməsinə baxmayaraq 2-ci istiqamətdə gedən qaçqınlar da atəşə tutulmuşdu. Burda itkilər birinci ilə müqayisədə az idi.

Şəhər erməni silahlı qüvvələri tərəfindən işğal ediləndə orada 86-sı Axıska türkü olan, təxminən 300 mülki qalmışdı. 1992-ci il martın 28-nə qədər həm şəhərdə qalan, həm də Ağdam istiqamətində saxlanılan 700-dən çox Xocalı sakini Azərbaycan tərəfinə təhvil verildi. Onların çoxu qadın və uşaqlar idi. 1992-ci il 26 mart tarixli Qarabağ qəzetinin yazdığına görə, “Xocalıda ümumilikdə 476 nəfər mülki şəxs” həyatını itirmişdi.

Qətliamın siyasi təsirləri də böyük oldu. Ayaz Mütəllibov çex jurnalist Dana Mazalovaya verdiyi müsahibədə Ağdam yolunda qalan meyitlərin daha sonra eybəcər hala salındığını əsas gətirərək bunda müxalifəti günahlandırmışdı. Ermənilərə duyduğu simpatiyanı gizlətməyən Mazalova, bu sözlərdən sonra Xocalı qətliamının azərbaycanlıların özü tərəfindən törədilməsi nəticəsinə varmış və müsahibəni bu formada tirajlamışdı.

Ermənistan da eyni mövqedən çıxış edirdi. Hətta bu versiyanı rəsmi şəkildə Human Rights Watch-a ünvanladığı məktubla müdafiə edirdi. Human Rights Watch Ermənistan hökümətinə göndərdiyi cavab məktubunda Qarabağ ermənilərinin etdiyi əməli azərbaycanlıların üzərinə atmaq cəhdinə təəccübləndiklərini, bu qətliamın məsuliyyətinin birbaşa DQR hərbçilərinin üzərində olduğunu bildirmişdi.

Ayaz Mütəllibov isə Mazalovanın müsahibəni təhrif etdiyini demiş, Xocalıdakı qətliamın məsuliyyətini azərbaycanlıların üzərinə atmağı isə müstəsna həyasızlıq adlandırmışdı.

Bütün bunlara baxmayaraq Ayaz Mütəllibov AXC-nin təzyiqi ilə 1992-ci ildə vəzifəsindən istefa verdi.

Çingiz Mustafayevin Tamerlan Qarayevə ünvanladığı “meyitləri kim sonradan bu hala salıb?” sualı isə açıq qalmaqdadır.